Ausgehend von historischen Erzählungen, wissenschaftlichen Methoden, gesellschaftlichen Normen sowie Sprach- und Zahlensystemen entwickelt er eine künstlerische Praxis, die diese Systeme und Strukturen durch Variation, Transformation, Manipulation und fiktionalisierende Veränderung immer wieder an ihre Grenzen führt. Die daraus resultierenden Abweichungen und Irritationen sowie der daraus resultierende Zweifel am Bestehenden und das Misstrauen gegenüber  nicht hinterfragten Wahrheiten schaffen eine völlig eigenständige künstlerische Formensprache, die sich nicht nur in grossformatigen Gemälden und Zeichnungen, sondern auch in Skulpturen, Installationen, Performances und in Müllers kuratorischer Praxis manifestiert.

Von 2015 bis 2018 lehrte Michael Müller als Professor an der Universität der Künste Berlin (UdK).