Bourgeois wurde 1983 vom französischen Kulturminister zum Offizier des Ordens für Kunst und Literatur ernannt. Sie erhielt weitere Auszeichnungen wie der Grand Prix National de Sculpture der französischen Regierung im Jahr 1991, die National Medal of Arts, überreicht von Präsident Bill Clinton, im Jahr 1997 und die französische Medaille Commander of the Legion of Honor, überreicht von Präsident Nicolas Sarkozy im Jahr 2008. Sie vertrat die Vereinigten Staaten 1993 auf der Biennale von Venedig und wurde 1999 mit dem Goldenen Löwen der Biennale für ihren Beitrag zur zeitgenössischen Kunst ausgezeichnet. 

Bourgeois‘ Werke sind in bedeutenden Sammlungen auf der ganzen Welt zu finden und waren auch in mehreren großen Retrospektiven zu sehen, die unter anderem vom Museum of Modern Art in New York, vom Kunstverein in Frankfurt, von der Tate Modern in London, von der Staatlichen Eremitage in St. Petersburg, vom Centre Georges Pompidou in Paris und vom Haus der Kunst in München organisiert wurden.